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在淡水水域，浮游生物季节分布在数量变化上与海洋浮游生物大同小异，但在种类变化上则有较大差异。例如在淡水浮游生物中占优势的绿藻类、蓝藻类、枝角类和轮虫类，其数量高峰经常出现在水温较高的温暖季节，尤以夏季繁殖盛，不过冬季的种类贫乏和数量稀少，则与海洋浮游生物一致。
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浮游动物属消费者。有孔虫类和虫类的壳是海洋沉积物中一类重要的古生物化石，金华水母缸，根据它们能确定地层的地质年代和沉积相，还能借助它们寻找沉积矿产和石油。浮游生物是水域中其他生物生产力的基础，由于它们分布广，繁殖力强，故可能成为未来世界的主要食源。
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浮游生物的水平分布与寒流和暖流密切相关，因而有些种类常可作为寒流和暖流的指示种。例如管水母类的帆水母和银币水母可作为东海黑潮暖流的指示种。
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